Om ervoor te zorgen dat sloten en beken goed kunnen blijven doorstromen, baggeren waterschappen de waterbodem. Hierbij kunnen verontreinigende stoffen in het water terecht komen. De waterschappen zoeken daarom naar milieuvriendelijke technieken om te baggeren. Ook onderzoeken de waterschappen de waterbodem om een goede waterkwaliteit te kunnen waarborgen.

Op het gebied van regionale waterbodem is de Unie van Waterschappen het aanspreekpunt in Nederland voor andere partijen. De Unie van Waterschappen zorgt voor een gedragen bijdrage vanuit de waterschappen bij de relevante punten die nog spelen. Knelpunten voor de uitvoering worden zo snel mogelijk geagendeerd bij het Rijk en met de waterschappen wordt proactief aan oplossingen gewerkt.

Om dit mogelijk te maken onderhoudt de Unie nauw contact met alle waterschappen, zowel ambtelijk als bestuurlijk, en zorgt het ook voor een goed netwerk met relevante actoren.