Klimaatverandering, politieke verschuivingen en nieuwe technologieën zorgen ervoor dat waterschappen flexibel moeten zijn en moeten anticiperen op nieuwe situaties. De Unie van Waterschappen is hierbij hun aanvoerder.

De Unie ontwikkelt visie, structuur en werkwijzen om samen te werken aan droge voeten, schoon water en voldoende water. De Unie beschikt over een gedegen bestuurlijke organisatie, waarbinnen deze visie optimaal tot uiting wordt gebracht.

Het bestuur maakt actief een ronde langs de waterschappen om in nauw contact te zijn met de waterschapsbesturen. In het bestuursprogramma van het bestuur staat dat samenwerking en afstemming met de leden prioriteit geniet.

Het hoogste orgaan van de Unie van Waterschappen is de ledenvergadering. In de ledenvergadering hebben de voorzitters van alle waterschappen zitting en worden de leden van het bestuur gekozen. De directeur van de Unie van Waterschappen is de secretaris van het bestuur. In werkgroepen en commissies wordt het beleid van de Unie voorbereid en bepaald.