Het hoogste orgaan binnen de vereniging is de ledenvergadering. Elk waterschap is vertegenwoordigd in de ledenvergadering. Deze vertegenwoordigers (voorzitter of DB-lid van het waterschap) leggen vervolgens ‘thuis’ verantwoording af aan het Dagelijks Bestuur (DB) en het Algemeen Bestuur (AB).
De ledenvergadering komt vier keer per jaar bijeen en wordt voorgezeten door de voorzitter van de Unie van Waterschappen. De ledenvergadering bepaalt de koers van de Unie. Het is het orgaan dat een besluitvormende taak heeft en geeft mandaat waar het gaat om het goedkeuren van de jaarstukken (begroting, jaarrekening etc.), het wijzigen van de statuten, het benoemen van bestuursleden en het aanstellen van de algemeen directeur.